เพื่อป้องกันการปนเปื้อนจากจุลินทรีย์ โดยปกติแล้วโจ๊กสำหรับเด็กจะถูกบรรจุในภาชนะปลอดเชื้อเพื่อรักษาความสะอาดของโจ๊ก จากนั้นจึงทำการฆ่าเชื้อซ้ำอีกครั้ง

วิธีการฆ่าเชื้อหลักสำหรับโจ๊กเด็กคือการฆ่าเชื้อด้วยความร้อนสูงที่ 121 องศาเซลเซียส เพื่อให้แน่ใจว่าแบคทีเรียและเชื้อโรคที่เป็นอันตรายถูกฆ่าตาย ความร้อนทำลายจุลินทรีย์โดยการทำลายโปรตีนและโครงสร้างเซลล์ ดังนั้น การเลือกกระบวนการฆ่าเชื้อที่เหมาะสมไม่เพียงแต่จะช่วยรักษาสีและกลิ่น รสชาติ และคุณค่าทางโภชนาการของอาหารเท่านั้น แต่ยังช่วยยืดอายุการเก็บรักษาได้อีกด้วย

โจ๊กสำหรับเด็กส่วนใหญ่ต้องเก็บรักษาในช่องแช่แข็ง และต้องรักษาอุณหภูมิต่ำให้คงที่ตลอดการขนส่งแบบควบคุมอุณหภูมิ เพื่อให้มั่นใจในความสดและความปลอดภัยของอาหาร ซึ่งเพิ่มต้นทุนให้กับผู้ผลิต อย่างไรก็ตาม ผู้ผลิตผลิตภัณฑ์ที่ผ่านการฆ่าเชื้อด้วยความร้อนสูงสามารถมอบทางเลือกที่สะดวกและชาญฉลาดกว่าได้ ตัวอย่างเช่น สามารถเก็บรักษาไว้ที่อุณหภูมิห้องได้โดยผ่านกระบวนการฆ่าเชื้อด้วยความร้อนสูง กระบวนการฆ่าเชื้อด้วยความร้อนสูงทำให้โจ๊กปลอดภัยแม้จะเก็บไว้ที่อุณหภูมิห้อง